如果特许人与被特许人不仅签订了特许经营合同，还与被特许人签订了商标使用许可合同，那么就需要由特许人在三个月内凭商标使用许可合同到商标局备案，而且特许人需要监督被特许人使用该商标的商品质量。如果特许人未予备案，法律并未规定特许人会因此受到行政处罚，特许人与被特许人签订的商标使用许可合同也并不必然无效，但是，该商标使用许可合同不得对抗善意第三人，也就是说，因为该商标许可并没有向公众公示，善意第三人无法通过正常渠道得知这一许可，因而该许可合同对任何善意第三人均不产生法律效力。

但是，如果特许人与被特许人仅仅只是通过特许经营合同体现了商标的授权使用，由于该特许经营合同不是一个单纯的商标使用许可，还包含了除商标使用许可以外的其他很多类似于经营资源的允许使用、技术和服务的持续支持等内容，因此特许经营合同是无法作为商标使用许可合同办理备案的，同时也完全没有为了备案而备案的必要。