首先，我认为国家制定《城市房地产管理法》规定90天给业主办理房产证的期限应该或者说视为是合理的，这个里面应该已经包含了所有政府职能部门的协调时间，因此，政府部门不能按照这个时间办理完毕，严格讲这属于政府职能部门的不作为；

其次，在我看来，职能部门之所以不能在90天之内办理完毕或者说不能协调得很好，那一定是由于开发商在项目前、后、中有违规行为，或者说没有严格按照政府有关规定去做，所以导致职能部门不能协调的原因还是在开发商，业主的责任也就还是应该由开发商承担；

最后，即使真的是因为政府职能部门的原因，我想那应该由开发商首先向业主承担违约责任，再由开发商向政府职能部门追偿。因为合同和行政行为都是有相对方的。作为业主根据合同的相对方就是开发商，无论责任是不是开发商，但是毕竟业主的损失是客观存在的，如果说是因为开发商自己的原因，那么其承担责任是天经地义的，如果是其他人包括政府部门造成的，那么也应该根据政府与开发商之间的相对关系请求政府职能部门予以赔偿。